Contrariamente alla congenere Cicogna bianca (Ciconia ciconia), la Cicogna nera frequenta le zone forestali, preferibilmente caducifoglie, in prossimità di fiumi e zone umide, generalmente lontano da aree urbanizzate. In alcune zone dell’areale (pianure del Caspio, altopiano Etiopico) frequenta anche aree aperte scarsamente boscate.